複数のエフェクトルートが存在する場合、エフェクトルート同士の描画優先度が出てきます。
こちら、現在のBISHAMONでの仕様は、

 ・エフェクトルートを生成した順番でエフェクトが描画させる
  (後に追加したエフェクトルートが手前に描画)

となっております。
必要に応じて、任意のエフェクトの描画優先度を上げたい(手前に描画したい)場合は、下記の操作によって変更する必要があります。

 1)新しいルートノードを制作します。
 2)手前に描画したいエフェクトのルート以下を制作した
   新しいルートノードへ移動(親ノードを切り替える)します。

新しく制作したエフェクトルートのエフェクトが手前に描画されますので、エフェクトルート切り替えることで変更する必要があります。